Во время правления СССР Хрущевым, Русской Православной Церкви приходилось очень нелегко. Во время «хрущевских гонений» не было каких-то кровавых насильственных репрессий, но было очень серьезное политическое и экономическое давление. Еще в 1943 году был создан Совет по делам РПЦ, который теперь нагло вмешивался во все внутренние дела Церкви. Так, для того чтобы Церковь могла провести какое-либо мероприятие, она обязана была получить разрешение у Совета. Также из-за давления государственных чиновников, по всей стране были закрыты сотни церквей. А служители церквей, в частности ее архиереи, без конца перемещались с одной кафедры на другую.

Несмотря на все гонения и притеснения со стороны государства в сторону Церкви в шестидесятые годы, все же велась активная церковная политика с другими государствами. Так, в 1961 году при участии Никодима русская Церковь вступила во Всемирный Совет Церквей. Хотя хрущевская политика делала все, чтобы этого не случилось, и много лет препятствовала этому событию. 

В 1963 году по указанию Русской православной Церкви в Ленинградскую Духовную академию и Семинарию прибили студенты из Африки, с целью обучения русского языка и дисциплинам богословия. Это событие стало ключевым перед открытием иностранного отделения при Духовной академии, а факультет назвали «факультет африканской христианской молодежи».

Ленинградская Духовная академия славилась своими методиками и программами обучения. Постепенно о ней узнали не только в африканских странах, но и по всему миру. Так, студены в Ленинградскую академию стали съезжаться из Азии, Латинской Америки, а также из стран Европы. Позже отделение стало именоваться Факультетом иностранных студентов, благодаря ему, Российская православная Церковь создала себе солидную репутацию во всем церковном мире.