В 1777 году во имя рождества Крестителя и Предтечи Иоанна была построена церковь по указу Екатерины II. Освящение произошло в1780 году. В крещении принимал участие Рисский император - Иосиф II. Перед этим для Екатерины II в 1774-1777 гг. был выстроен дворец, который находился не далеко от Санкт-Петербурга. Дворец был выполнен в готическом стиле архитектором Ю.М. Фельтеном.
Первоначально дворец был назван – «Кикериксено», что с финского переводилось как – «лягушечье болото». Позже дворец и церковь0 возведенная в честь победы русского флота, которая произошла после боев в Чесменской бухте были названы Чесменскими. Императрица не часто заезжала в эти края, но, тем не менее, украшала и церковь и дворец. Справа от входа в церковь было расположено специальное место для императрицы.
Оно было облачено в красный бархат с балдахинами, а на спинке располагался двуглавый орел. Когда проводилась ярмарка, то крытые ларьки располагались слева от церкви. Во времена правления Екатерины Великой церковь и дворец передали капитулу ордена Георгия Победоносца. Там происходило награждение, выдача орденов офицерам, которые отличались на полях сражений. Когда императрица умерла, то дворец долго время находился в запустении. Во времена правления Павла I дворец хотели использовать как лазарет , а во времена Александра I в качестве дачи для благородных девиц.
И только в 1830 году Николай I издает указ о перестройке дворца. Архитектором назначили Штауберта. К дворцу были пристроены три флигеля в два этажа, в которых расположили жилые помещения. В них проживало четыреста рядовых и шестнадцать кавалеров Святого Георгия. Уже после перестройки церковь переместили с первого этажа на второй. В храме имелось несколько особо почитаемых святынь: плащаница из Кахетии XVII века, вышитые серебром иконы Преподобной Марии Магдалины и Апостола Павла. В настоящее время эти иконы хранятся в Павловском музее.
В конце XIX века в Предтечинской и Рождественской церквях был произведен капитальный ремонт, но в 1919 г. обе церкви закрыли. Большинство церковной утвари и икон было изъято, но прихожане перенесли церковь на , в личный дом барона Вебера, и находился он на его заводе красок и лаков. В 20-х года церковь закрыли окончательно. В 1930 г. в Иоанновской церкви возник пожар, вследствие чего сгорел весь иконостас. После мировой войны церковь и дворец отремонтировали. В 1971 г. в Иоанновской церкви открыли Военно-морской музей, посвященный победе при Чесме. Санкт-Петербургской епархии храм был передан в 1990 году. С 1996 - 1998 год церковь реставрировали. На сегодня в Чесменской церкви работает воскресная детская школа, проходят богослужения, ведется научная работа. Это одно из немногих зданий в Петербурге, выполненное в стиле псевдоготики.