В 1714 году, для начальника всех петербургских верфей, Александра Кикина началось строительство большого каменного дома. Строительство дома из камня в те времена считалось большой роскошью, в основном в Петербурге стояли избы и мазанки. Для Кикина строили двухэтажный особняк на высоком цоколе с высокой крышей из черепицы. Двухэтажная центральная часть здания с боковыми ризалитами была возведена в стиле петровского барокко. Внутренняя планировка особняка напоминала планировку Петергофского Большого дворца.

Самому владельцу нового особняка пожить в доме удалось недолго – за поддержку опального царевича Алексея, Кикин был арестован и казнен в марте 1718 года, а сам особняк был конфискован в государственную казну. Вскоре Петр I перевозит сюда различные зоологические и ботанические «диковины» и в Кикиных палатах размещается первый музей Петербурга – Кунсткамера. Для потребностей музея надстроили ещё один этаж, в 1727 году музей переехал в новое, специально построенное для него здание.

В 1733 году квартал, прилегающий к зданию, и сами Кикины палаты отдают в распоряжение Конной гвардии. Здание перестраивают, а над центральной частью возводят колокольню. В перестроенном здании размещаются лазарет и полковая канцелярия.

В 30-х годах 19-го столетия Кикины палаты перестраивают в третий раз. Под руководством архитектора А.Е. Штауберта был перестроен третий этаж, разрушено парадное крыльцо и изменена отделка фасадов.

Во время Великой Отечественной войны Кикины палаты были разрушены практически до основания. За реставрацию здания в 1953 году взялась архитектор И.Н. Бенуа. За три года Кикины палаты были отреставрированы и приобрели почти первоначальный вид эпохи Петра I. В нынешнее время в Кикиных палатах располагается музыкальный лицей.