Очередное страшное испытание для жителей Санкт-Петербурга было вспыхнувшая в городе эпидемия гриппа, холеры, возвратного тифа, сыпного тифа, дизентерии. Эпидемии возникли тогда, когда армия Юденича шла на город, эпидемия приняла ужасные размеры. (В тысяча девятьсот двадцатом году в больницах Петербурга были зарегистрированы свыше двадцати трех тысяч человек, которые заболели тифом). Такие бедствия, которые обрушились на город (мор вкупе с лишениями, террором и голодом) сопровождались большим ростом смертей: в 1919 году за четыре зимних дня было похоронено на кладбищах 1178 человек, это не считая тех, кто еще не похоронен. Жители гибли из-за призыва в Красную армию. С лета 1918 года по весну 1919 года свыше ста семидесяти тысяч человек были мобилизованы. Это все привело к катастрофическому снижению населения Петербурга.
Помимо этого, с середины июня 1918 года установили жесткие миграционные правила: из Петрограда выезд был возможен, а въезд запрещался. С декабря 1917 года по август 1920 года население Петербурга уменьшилось с 1, 9 миллионов человек до 722 тысяч человек. В конце 1920 года наступил топливный кризис - заводы все закрыли до десятого января 1921 года. В начале 1921 года положение в городе походило на февраль 1917 года, везде проходили демонстрации и забастовки; рабочие были недовольны уровнем жизни, требовали власти без коммунистов для Советов. Дошло до того, что Петроградский комитет ввел осадное положение. Все волнения перебросились в военно-морскую крепость Кронштадт, и там второго марта 1921 года началось вооруженное восстание.
В этот же день Троцкий и Ленин подписали приказ, который объявил кронштадское движение мятежом, тем самым против трех тысяч матросов-повстанцев бросают пятидесяти тысячную карательную армию. Восстание было подавлено восемнадцатого марта 1921 года. Но руководители мятежа смогли скрыться в Финляндии. Двадцать первого марта в Петрограде было снято осадное положение. Восстанием руководили: Тухачевский М., Зиновьев Г., Троцкий Л. Восстание моряков Кронштадта, которое поддерживали питерские пролетарии, ленинское правительство заставило полностью изменить внутриполитический курс. В 1921 году, когда ввели НЭП, Петроград начал оживать.