Великий царь Петр первый за время своего правления, осуществил множество реформ, которые коснулись абсолютно всех сфер жизни страны. Самое пристальное внимание Петр обращал власти страны. Так, на место бояр и их приказам, в 1718 году пришли коллегии, каждая из них управляла своей конкретной отраслью управления. Всего было создано двенадцать коллегий: первая – Коллегия Иностранных дел; вторая – Военная коллегия; третья – Коллегия Адмиралтейств; четвертая – коллегия, управляющая доходами страны – Камер-коллегия; управляла расходами государства пятая Штатс-контор-коллегия; шестая, Юстиц-коллегия занималась судопроизводством; финансовый контроль осуществляла седьмая - Ревизион-коллегия; восьмая – Коммерц-коллегия ведала торговлей; девятая – Мануфактур-коллегия – промышленностью; десятая Берг-коллегия занималась горным делом; 11 коллегия – Вотчинная управляла землепользованием; и двенадцатую коллегию назвали Главный магистрат, она осуществляла управление городом. Управляли коллегиями президент и вице-президент.
Все двенадцать коллегий, в свою очередь, находились в подчинении самого императора и Сената. Также Петр первый создал указ, по которому все церкви должны были подчиняться государству. Так, в 1719-1721 годах началась реальная работа коллегий.
Сначала здание, в котором расположились Сенат и коллегии, было совсем небольшим. Но в 1722 году началось сооружение нового здания Двенадцати коллегий, вместе со строительством нового центра Петербурга на Васильевском острове. Этот новый дом коллегий получился достаточно большим и даже в наши дни впечатляет своими размерами – его длина составляет четыреста метров. Все огромное здание условно делилось на 12 частей, каждая из которых была предназначена отдельной коллегии и была отделена своей крышей и архитектурными особенностями. Немного позже, в 18 веке было решено соорудить отдельное крыльцо к каждому входу в здание коллегии.
Всеми работами, по возведению и украшению здания, руководил Доменико Трезини – известный итальянский архитектор.
Двенадцать коллегий располагались в здании на острове целое столетие. Однако в 1802 году в России была проведена реформа государственного управления. После чего, в здании коллегий разместился Главный педагогический институт, который позже стал называться Петербургский университет. И в наши дни в этом здании сохранились несколько его факультетов.