В результате военных действий во время Северной войны 1-го мая 1703 года войска России захватили крепость Ниеншанц (которая находится в месте впадения Охты в реку Неву). Решением военного совета, во главе которого был Петр I, было решено, что эту крепость далее укреплять не стоит, так как, по словам самого царя, Ниеншанц «от натуры не крепок». Еще одна причина – это невыгодное расстояние от крепости к морю, поэтому ее развитие оставило бы шанс шведам закрепиться на любом острове, расположенном в дельте Невы. Случись это – и тогда бы русские снова остались без выхода к морю.

Обследованием островов в дельте Петр I занялся лично. И он нашел именно то, что идеально подходило для размещения крепости – Заячий остров. Он располагался вблизи разветвления реки Невы на рукава, на небольшом расстоянии от моря. Еще одно преимущество – вокруг всего острова была вода, которая могла сыграть роль преграды во время возможного штурма. Любой корабль, независимо от того, откуда он вошел в Неву, с этого острова можно было держать под постоянным прицелом.

Крепость на острове была заложена в день Святой Троицы – 16 (сегодня это 27) мая того же 1703 года. Эту дату принято считать днем, в который основался Санкт-Петербург. Имя крепости дали только спустя некоторое время – 29-го июня, Петров день. Именно в этот день на территории крепости возвели церковь Святых Петра и Павла. Петр I дал крепости название «Санкт-Питербурх», которое распространилось и на основывающийся вокруг город. По преданию, Апостол Петр являлся хранителем ключа от рая, и именно это русскому царю показалось символичным, ведь город, который взял имя покровителя, играл роль ключа к Балтийскому морю. Прошло несколько лет и крепость стали называть именем главного собора – Петропавловской.

Будущая крепость строилась по плану, автором которого был сам Петр I. Была поставлена цель – возвести укрепления  до того, как закончиться лето. И это людям царя удалось – именно к осени строительство крепости было завершено. Стены крепости сначала были насыпаны из земли, так как времени на строительство из камня не хватало. Каменные укрепления начали возводиться спустя три года – с 1706-го.

За три дня после того, как было завершено строительство крепости, для Петра был срублен дом из дерева. Желание царя заключалось в том, чтобы жилище было похоже на голландские дома, которые ему очень нравились, поэтому стены дома были расписаны масляной краской в виде кирпича. Сам царь в этом доме находился не часто и только в летний период, но в память о человеке, основавшем Петербург, это строение сохранено и сегодня.

Недалеко от крепости, на соседнем острове, начал расти новый город, который даже получил название Городского (сегодня – Петроградская сторона). Ноябрь, 1703-го года, ознаменовался открытием, на этом острове, первого храма, который получил название Троицкого (в память о дате возведения крепости). Несколько лет спустя храм перестроили, сделав его каменным. После этого Троицкий собор представлял собой главный столичный храм, в котором Петр I, в 1721 году, получил титул императора.

Площадь, на которой размещался собор, также называли Троицкой. Именно на этой площади организовали первую в городе пристань, в которой выгружались и грузились множество кораблей. Здесь же на площади построили первый Гостиный двор и первый трактир Петербурга с названием «Аустерия четырех фрегатов». Соединял Городской и Заячий острова построенный подъемный мост.

Противоположный берег Невы также начал застраиваться, прикрываясь Адмиралтейской крепостью, выполнявшую роль верфи. Постройки появились и на Васильевском острове. Петр задумывал этот остров сделать центром города.

Царский двор переместился в Санкт-Петербург в 1712 году. Именно этот год считается моментом, когда столица России расположилась на берегах реки Нева. Хотя, еще в 1704-ом году, в письме к Меньшикову, Петр написал о том, что уезжает в «столицу Питербурх».