Возвращение людей к религии имело и негативное последствие. Повышенная восприимчивость к новым течениям сделала Россию заманчивым местом для всевозможных сект и миссионеров. К 1995 г. уже официально зарегистрировались свидетели Иеговы, мормоны, адвентисты седьмого дня, кришнаиты и др.

На организованной в Северной столице конференции "Тоталитарные секты и права человека в России", в декабре 1995 г, из приведенных данных следовало, что на территории Петербуржской области и города действовало около 50 организаций, отнесенных к сектам.

 

Не смотря на протесты жителей Петербурга в 1997 г. администрацией города было выдано согласие о строительстве центра "Свидетелей Иеговы", на отведенном для этого месте в парке "Удельный". Протесты против строительства продолжались по 1999 год, было собрано 10 000 подписей горожан. Но ни эти подписи, ни протесты, ни письма городским чиновникам не смогли оказать влияние на решение администрации города.

 

И в октябре 1997 официально объявили о начале строительства, в парке на арендованной на 49 лет земле.

 Известны своей активностью секты мунистов и сайентологов, их деятельность неоднократно подвергалась расследованию прокуратурой, возбуждались уголовные дела. Финансирование церкви Муна происходит за счёт денег, собираемых новичками, обязанность  которых - просить подачки или торговать сувенирами. Вступивший в секту, уже не принадлежал сам себе, важны только члены секты, газеты и книги секты, проповеди пастырей.

 

"Санкт-Петербургский центр сайентологии" управляется Международной церковью сайентологии, деятельность которой под  запретом в некоторых странах Европы. А в австралийском штате Виктория комиссия постановила: сайентология - зло; ее способы - зло; и большая опасность для общества.

Северную столицу для своей деятельности избрали и индуисты секты "Брахма Кума-рис". Вербовка происходит разными хитрыми способами. Проводят семинары и конференции, с участием чиновников, ученых и интеллигенции, которые часто даже не знают, куда их пригласили.

 

В ответ, на критику и протесты против засилья сект,  власти города жалуются на недостатки федеральных законов, оставляющие сектам всевозможные лазейки