Победный 1945 год имел для православной церкви судьбоносное значение. Новым Патриархом избран митрополит Алексий, таково было решение Поместного собора, состоявшегося в начале года. Было также разработано и принято новое "Положение об управлении РПЦ". Согласно этому положению Патриарх являлся вершителем всей верховной власти.
Были проведены реорганизации и переподчинения внутри структурных подразделений, как например, вместо «двадцаток» стали общины, органами управления стали приходские собрания, возглавлял общину, приход священник. Нужно было также после освобождения территорий от немцев решить вопрос с приходами, деятельность которых в военные годы не прерывалась. Это был момент сложный и противоречивый, и не у всех было однозначное мнение по этому вопросу.
Окончательное принятие решения к священникам, исполнявшим свои обязанности в период немецкой оккупации, было оставлено за Патриархом. Он в такой ситуации принял самый разумный подход – индивидуальный, в зависимости от политики, проводимой священником и его самосознания. Однако НКВД, невзирая на решение верховного главы православной церкви, начало проводить массовые аресты священнослужителей.
Согласно отчетности в период оккупации в Ленинградской области действовало 207 церквей, в которых несли службу более ста представителей духовенства. При отступлении гитлеровцы жгли и взрывали церкви, таких оказалось более сорока, примерно половина священников были насильно угнаны, часть из них ушла добровольно. Оставшаяся половина встретила советские войска с ликованием. Суд над священнослужителями был быстрый, он состоялся в феврале и большинство из них получили по двадцать лет лагерей.
22.08.1945г. издается постановление Правительства, которое представляло Патриархии, епархиальным управлениям, а также ее подразделениям права юридического лица. Это постановление раскрывало перед церковью большие возможности и фактически аннулировало многие положения декрета 1918 г.
Общины теперь могли иметь банковские счета, совершать различные сделки, предусмотренные советским законом, приобретать, в том числе недвижимость, открывать свои дочерние предприятия и производить наем рабочих. Церковь, если можно так выразиться, стала субъектом государства.