В процессе всех передряг 90-х годов, рост преступности увеличился повсеместно на всей территории России. Но Санкт-Петербург стал считаться криминальной столицей. Печальную статистику стали вести, начиная с убийства Игоря Талькова, во Дворце Спорта, на его концерте. С того времени, список криминальных деяний стали пополнять вандальные действия на местных кладбищах, поджоги памятников, массовые убийства ученых, чиновников, общественных деятелей и многие другие события. Все это свидетельствовало о неблагополучном состоянии страны.
Кроме этого, из национальной библиотеки было похищено большое количество древних манускриптов, которые обнаружили вовремя, их чуть было не вывезли за границу. Ученый Глебов был избит возле своего дома и скончался затем в больнице. На Серафимовском кладбище в 2002 году совершили акт вандализма, тогда было разрушено около нескольких десятков надгробий героев СССР, моряков, пожарных, летчиков, которые исполняли свои обязанности, в результате чего погибли. Это лишь несколько примеров всего того ужаса, который творился в Питере в 90-х.
Особый пункт криминального кошмара того времени – заказные убийства. Если при Собчаке такие убийства в основном происходили в бандитских кругах, то при Яковлеве активно стали устранять депутатов и министров. Коррупция, преступность и многое другое уже воспринимались как нечто обыденное. Для одних людей петербургский стиль олицетворял академик Лихачев, для других – криминальные авторитеты. СМИ стали преподносить криминал, как адекватную политическую силу.
Когда в 1997 году расстреляли вице-губернатора Маневича, контроль над расследованием взял председатель правительства Черномырдин. И Ельцин, и Путин неоднократно интересовались ходом расследования этого дела. Только в 2002 году нашли виновных, но заказчик так и остался неизвестен.
В 1998 году расстреляли Депутата Думы Старовойтову и ранили ее помощника Линькова. Около 30 версий убийства выдвигалось в ходе расследования. Основные версии: в убийстве виноваты фашиствующие группировки, убийство произошло с целью кражи денег и т. д. Только в 2004 году шесть подозреваемых оказались на скамье подсудимых, это были исполнители заказного убийства. В 2004 году, в день рождения Старовойтовой, фасад ее дома был украшен мемориальной доской.