Вслед за судебными разбирательствами и тотальным контролем всех сфер жизни, шли аресты. В середине 1949 года, был арестован бывший секретарь горкома партии Я. Капустин, в августе двери решетки захлопнулись за «главарями шайки» Вознесенским и Кузнецовым. Контроль над следственным процессом осуществлял лично Берия. Всем арестованным по Ленинградскому делу, предъявлялись обвинения в «подрывной работе» и «нарушении государственных планов». Количество обвиняемых в подобных деяниях росло с невероятной скоростью. Аресту подвергались не только партийные работники, но и граждане, которые не имели никакого отношения к партии.
Для того чтобы попасть в тюрьму, достаточно было состоять в родстве с обвиняемым, или просто быть с ним знакомым. Так, в 1949 году были арестованы несколько профессоров и ректор Ленинградского университета. Среди мест, попавших в партийный список неугодных, был и Музей обороны Ленинграда. Все руководство музея было арестовано, а директор получил срок 10 лет. Ему было предъявлено обвинение в "выпячивании ленинградских руководителей", дело в том, что в экспозициях музея количество портретов этих самых «руководителей», оказалось больше чем портретов Сталина, помимо этого, в музее который посвящен ВОВ, были найдены порох и оружие. После ареста всего руководства, по командованию ЦК музей был закрыт. Большинство ценных и уникальных экспонатов были уничтожены, лишь малую часть удалось сохранить и передать в другие музеи. Ежемесячно появлялось все больше и больше обвиняемых по ленинградскому делу. Когда в партийных организациях были арестованы все «подозрительные» элементы, чистку начали производить на предприятиях.
С этих пор, начальников заводов и фабрик стали все чаще арестовывать. Благодаря акциям властей по очистке предприятий, город остался без тех, кто всю блокаду налаживал оборону и продовольственное снабжение, а позднее и эвакуацию всего города. По всему СССР осуществлялись гонения на ленинградцев переживших блокаду, было ощущение, что их специально выискивают по всей стране. Их подозревали в создании "ленинградской секты", которая старалась вернуть Ленинграду статус столицы. Все судебные процессы проходили в закрытом виде, из-за чего не удалось узнать, что именно являлось основой обвинений «антипартийных элементов». В результате "Ленинградского дела" было расстреляно все руководство города.