Этот музей является единственным музеем подводных сил в России. Располагается он в 2-х залах.
В 1980 году  это был музей подводных лодок и находилась на Литейном. Его курировала учитель школы № 189 Ждан Елена Павловна. Вся экспозиция была посвящена знаменитой подводной лодке « С-13» и  командиру Маринеско. Имелись подлинные экспонаты, связанные с подлодкой. В музее очень часто проводились экскурсии, причем на них даже присутствовали ветераны. В современные дни, в хранилище 2 экспозиционных зала, кают-компанию и внешнюю площадку с рубкой подводной лодки. В фонде музея имеется более 10000 экспонатов. Можно посмотреть эскизы и картины времен Петра I, которые изображают разнообразные варианты судов.  Сама уникальная идея создания таких « потаенных судов», появилась еще очень давно.

Экспозиция рассказывает о том, какими были подводные лодки времен Великой Отечественной Войны, как они действовали. С помощью экспозиции можно проследить, как становился современный ракетно-ядерный подводный флот. Есть возможность увидеть интересные экспонаты, такие как консервы с пресной водой, настоящая торпеда в разрезе. Конечно же, немало экспонатов посвящено тому, чьим именем назван музей - А. И. Маринеско. Это документы, фотографии, бортовые журналы, личные вещи.

Наверное особое место занимает часть экспозиции посвященная трагическим событиям - гибели подводной лодки « Курск». Тут можно увидеть дневники, которые обнаружили на судне, с планами спасения экипажа и подъема подводной лодки.

Несколько стендов посвящены конструкторским бюро « Малахит» и «Лазурит», которые конструируют подводные лодки.

Также на территории музея находится закопанная в землю  дизельная подводная лодка. На ее поверхности только рубка с перископом, якоря, торпеды и некоторые системы управления и пулемет. Самые захватывающие экскурсии внутри судна.