Осенью 1833 года было построено здание на Михайловской площади, предназначенное для очередного Императорского театра – им стал Михайловский театр. Получилось так, что дом у театра уже был, а постоянных актеров и труппы театр не имел. Поэтому, его здание и сцена поначалу использовались в роли зала, в котором давали концерты.
С наступлением 1859 года, здание театра подверглось широкой реставрации – была увеличена сцена и зрительный зал, что соответствовало всем требованиям для проведения балета и оперы. Но, по-прежнему, Михайловский театр не мог похвастаться талантливой труппой и опытным руководителем, поэтому в стенах его великолепного здания с удовольствием выступали французские и немецкие театральные группы. А также, на его сцену часто поднимались актеры Мариинского театра, представляя зрителям свои постановки. Необходимо отметить, что труппа Мариинского театра очень полюбила это здание, и выступать в нем каждые выходные, на какое-то время, стало доброй традицией.
Острым толчком к организации собственного коллектива для Михайловского театра стала Октябрьская революция. Так как в неспокойное время иностранные актеры отказывались оставаться в России, выступать на сцене стало попросту некому.
И наконец, в марте 1918 года театр обрел опытных и талантливых руководителей – режиссера Смолич Н., и художественного руководителя и дирижера Самосуд С.. С этого времени театр начинает новую страницу своей жизни, которая окажется богатой на оперные спектакли. Формирую репертуар театра, руководители ориентировались на легкую непринужденную оперетту, которая могла бы развлечь зрителя. Отсюда в 1920 году появилось первое название театра: Государственный академический театр комической оперы. Но уже через год ему дали имя Малого академического театра. В 1926-м году название театра вновь претерпело изменения, он стал называться Ленинградским академическим Малым оперным театром.
В период 30-х годов 20 века театр обзавелся новым веянием социалистического реализма. Репертуар театра меняется. В эти годы здесь были сыграны следующие произведения: «Нос» Шостаковича и «Война и мир», поставленная Прокофьевым, также уникальное произведение «Пиковая дама» Мейерхольда В.
Начиная с 1940 года, следующие два десятилетия театром станут управлять другие, не менее опытные и талантливые руководители, получившие известность как великолепные дирижеры: Кондрашин К., Хайкин Б., Темирканов Ю.
Еще одним ярким этапом в жизни театра, становится приход режиссера Гаудасинского С. в 1981 году. Новый руководитель существенно поменял политику и репертуар театра. Он поставил перед собой главную задачу – вернуть на сцену Малого оперного театра произведения русских классиков. За годы его руководства, были сыграны следующие спектакли: «Борис Годунов» Мусоргского, «Пиковая Дама», «Евгений Онегин» Чайковского, «Золотой петушок» Римского-Корсакова и другие. Еще одной заслугой Гаудасинского считается то, что в годы его правления театром, размах выступлений приобрел достаточно масштабный характер и названий «Малый» театр стало постепенно теряться, тогда в 1989 году театр получил новое название Санкт-Петербургского академического театра оперы и балета имени М. П. Мусоргского. Было решено назвать театр именем великого композитора, так как опера, именно на его произведение, произвела настоящий фурор и принесла театру заслуженную славу. Однако театр не остановился на произведениях только русских композиторов, на его сцене по-прежнему ставили оперы европейских известных исполнителей.
За годы своего творчества театр вырастил огромное количество талантливейших певцов, многие из которых по сей день выступают на сценах России и иностранных государств. Среди наиболее известных артистов театра, хотелось бы отметить Охотников Н., Марусин Ю., Нестеренко Е., Селезнев Т., Новикова Т., Васильев В., Ванеев В., Устинова Е., Черкасова Т., Котельников К., Островский Н., многие другие.
Также в 1984 году театр впервые совершил гастроли за пределы российского государства. С тех пор путешествие оперной труппы по странам мира стало доброй традицией театра и зрители разных стран (США, Японии, Германии, Франции, Англии, Италии) каждый раз встречают театр с удовольствием.