ЗАО «ВАГОНМАШ» в течение последних лет блистательно реализовало инновационные проекты в области машиностроения. Значительным проектом можно считать производство трех современных вагонов-ресторанов с дизайнерским интерьером, оснащенных новейшим кухонным оборудованием, фирменного подвижного состава класса «Люкс». Уже летом 2007 года компания заключила договор со своим основным партнером ОАО «РЖД» на поставку данных вагонов-ресторанов.
Также нельзя не отметить успешное сотрудничество с Варшавским метрополитеном, длившееся несколько лет. За все время действия контракта ЗАО «ВАГОНМАШ» реализовало 42 вагона в Польшу. Стоит обратить внимание на то, что поставляемая продукция отличается от серийных моделей, и изготовлены по требованиям руководства Варшавского метрополитена. Новые модели имеют оригинальный обновленный интерьер, современную принудительную вентиляцию салонов. Выгоны оснащены обновленной системой автоматического пожаротушения отдельных пожароопасных элементов и пожарной сигнализацией. Сиденья, установленные в салонах, антивандальные европейского производства. Вагоны оснащены видеонаблюдением, системами транслирования речи в поезде, обратной связью «пассажир-машинист» двумя информационными панелями «бегущая строка». Обновления коснулась инженерных конструкций вагонов.
Еще один крупный проект ЗАО «ВАГОНМАШ», который нельзя не отметить это проект «Нева», осуществление которого началось в начале 2007 года с подписания документов о сотрудничестве с фирмой «Шкода Транспортейшн». Задачей этого проекта является производство вагона метро последнего поколения, по функциональным и техническим характеристикам, интерьеру соответствующего аналогам ведущих мировых производств в сфере вагоностроения.
Презентация в рамках этого проекта первого вагона состоялась 10 июля 2009 года. В торжестве приняли участие Валентина Матвиенко, главы Администраций города, руководители метрополитенов СНГ, России, ближнего зарубежья. Производство первых вагонов начались в начале 2011 года. В целях наладки серийного выпуска модифицированных вагонов, назрела необходимость увеличить производственные мощности. Руководство ЗАО «ВАГОНМАШ» начало возводить производственный Комплекс на базе ОАО «Петербургский трамвайно-механический завод», являющегося дочерним предприятием ЗАО «ВАГОНМАШ». Строительство планируется завершить в 2013 году. Вложения в строительство и выпуск самого первого шестивагонного подвижного состава примерно составили три млрд. рублей.