В 1813 году основали музей (Центральный железнодорожный транспорт). В этом же году создали Корпус инженеров путей сообщения (при данном институте) - «Особый зал», в котором хранились модели всех самых значимых сооружений, существующих и находящихся в проекте в то время в России и остальных заграничных странах. Первые модели в этом зале появились в этом же году, с той поры коллекция макетов и моделей, изготовляемых в мастерской института Корпуса, только пополнялась регулярно.
В пятидесятилетний юбилей института Корпуса, специальным указом было предписано всем предприятиям, организациям и учреждениям, занимающимися строительством в России, в обязательном порядке отсылать в музей модели и чертежи построенными ими. Благодаря этому коллекции музея стали моментально расти и пополняться новейшими экспонатами
Кроме того, не только модели транспортных средств поступали в музей, но и макеты сооружений, памятников и соборов. Свободным для посещения музей стал в 1862 году. Вход был абсолютно бесплатным. Ограничения были лишь по времени посещения – посмотреть на его экспонаты можно было только по воскресеньям. Любой желающий мог это сделать, не смотря на социальное положение и состояние кошелька.
В конце XIX века за счет экспонатов, пополнялись коллекции музея, они которые были отданы в дар разнообразными предприятиями и даже частными лицами. Благодаря этому музей обогащался вещами, которые принадлежали Мельникову и Посьету (бывшие министры путей сообщения), моделями товарного паровоза, ходившими по Уральской железной дороге и железного моста на Рязанско – Козловской дороге и многим другим.
А в 1902 году (декабрь) был открыт подобный музей – Музей ведомств путей сообщения - императора Николая I. В нем предполагалось хранить различные модели, сооружения, машины и снаряды. Некоторые экспонаты сам Николай II подарил новому музею. В подаренное вошло кресло Николая I, его письменный стол и чернильница, также пару моделей паровозов. По пришествию двух лет около здания музея вырос двухэтажный павильон, где разместились ботик Петра I и катер Александра II. А ещё через пару лет два музея объединили в один.
Очень сложным стал советский период в развитии этого музея. После революции первые год никто не думал заниматься, и он шел к упаду. В скором времени, конечно, музей открыли, но денег на новые экспонаты и ремонт старых, денег не выделялось. С приходом 1928 года дела музея, наконец-то пошли в гору, но вот выбивать новые экспонаты, помещения и финансовые средства для необходимого существования приходилось с боем. В наше время музей содержит более пятидесяти экспонатов, в которые входят самые интересные коллекции моделей локомотивов, тепловозов, настоящих паровозов и телефонных аппаратов.